La sede de Puerto Colombia inició actividades académicas en el año 1996 con los programas adscritos a las Facultades de Finanzas y Relaciones Internacionales, Medicina y Odontología.  Ya en el año 1998 se dio inicio a la Facultad Abierta y a Distancia, con su metodología semipresencial a través de escenarios múltiples con los programas de Administración de Empresas, Contaduría e Ingeniería de Sistemas.