El Consejo Académico es el organismo colegiado al cual le corresponde la adopción y ejecución de las directrices generales relacionadas con la planeación, organización, dirección y control de los procesos académicos de acuerdo con lo establecido en los Estatutos de la Fundación Universitaria San Martín, ratificados por el Ministerio de Educación Nacional mediante Resolución No. 12246 del 30 de julio de 2018. Actualmente, está conformado por:
Rector

Fernando José Restrepo Escobar
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Vicerrector Académico

Javier Daza Lesmes
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Vicerrector de Desarrollo Estratégico

Yezid Orlando Pérez Alemán
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Decana Facultad de Ciencias de la Salud Bogotá

Clara Judith Benavides Villamarin
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Decana Facultad de Ciencias de la Salud Sabaneta

Lina María González Duque
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Decano Facultad de Ciencias de la Salud Pasto

Jorge Edgar Villota Ortega
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Decano Facultad de Ciencias de la Salud Puerto Colombia

Luis Eduardo Dávila Solana
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Decano Facultad de Ciencias de la Salud Cali

Juan De Dios Villegas Perea
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Decano Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia

Javier Pérez Montenegro
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Decano Facultad de Ciencias Sociales y Administrativa

Carlos Arturo Hernández
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Representante de los Estudiantes

Michelle Paola Varela Reniz
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Representante de los Profesores

Martha Leonor Rebolledo Cobos
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